A primeira temporada contém 22 episódios que foram originalmente transmitidos nos Estados Unidos entre 29 de agosto de 2005 e 15 de maio de 2006. O enredo gira em torno do plano de Michael Scofield para tirar seu irmão, Lincoln Burrows, da prisão. Abrange aproximadamente seis semanas das vidas dos personagens, todo o tempo em que Michael permaneceu na Penitenciária Estadual de Fox River. Em Portugal, a primeira temporada foi transmitida entre os dias 7 de janeiro de 18 de março de 2007. No Brasil, entre os dias 10 de outubro de 2005 e 16 de outubro de 2006.
Episódio 01
Título: "Pilot"
Direção: Brett Ratner
Roteiro: Paul Scheuring
Michael Scofield é enviado à Penitenciária Estadual de Fox River como parte de um plano para libertar seu irmão, Lincoln Burrows, que foi condenado à morte por um crime que não cometeu.
Episódio 02
Título: "Allen"
Direção: Michael Watkins
Roteiro: Paul Scheuring
Os problemas começam entre os presos e Michael percebe que precisa de ambas as partes. Veronica Donovan vê a prova que compromete Lincoln pelo assassinato de Terrence Steadman.
Episódio 03
Título: "Cell Test"
Direção: Brad Turner
Roteiro: Michael Pavone
Michael testa a honestidade de Fernando Sucre, seu companheiro de cela, para ver se pode guardar o segredo da fuga, mas ele não quer formar parte disso. T-Bag quer se vingar de Michael e John Abruzzi tenta localizar Fibonacci.
Episódio 04
Título: "Cute Poison"
Direção: Matt Earl Beesley
Roteiro: Matt Olmstead
Michael segue trabalhando em seu plano, mas com seu novo companheiro de cela, "Haywire" Patoshik. Quando Sucre descobre que seu primo Héctor está saindo com sua noiva, decide fazer parte do plano de fuga.
Episódio 05
Título: "English, Fitz or Percy"
Direção: Randall Zisk
Roteiro: Zack Estrin
Tentando descobrir a relação entre Michael e Lincoln, os agentes Paul Kellerman e Daniel Hale conseguem transferir Michael para outra prisão através de ameaças ao diretor Henry Pope. Michael decide com a equipe qual será a rota para a fuga.
Episódio 06
Título: "Riots, Drills and the Devil Part 1"
Direção: Robert Mandel
Roteiro: Nick Santora
Devido ao atraso no plano, Michael cria um contratempo entre os prisioneiros para ganhar tempo, mas T-Bag agrava a situação colocando em perigo Lincoln, Sara Tancredi e todo o plano de fuga.
Episódio 07
Título: "Riots, Drills and the Devil Part 2"
Direção: Vern Gillum
Roteiro: Karyn Usher
Michael coloca em perigo o plano ao salvar Sara de outros prisioneiros, mas Sucre, Abruzzi e T-Bag continuam com o plano. Lincoln sofre uma tentativa de homicídio. Veronica e Nick Savrin seguem investigando o caso com uma nova pista.
Episódio 08
Título: "The Old Head"
Direção: Jace Alexander
Roteiro: Monica Macer
Ao descobrir que os guardas estão atrapalhando em uma parte vital do plano, Michael chama Charles Westmoreland para fazer parte da equipe. Veronica, Nick e LJ Burrows estão em perigo por causa dos agentes Kellerman e Hale.
Episódio 09
Título: "Tweener"
Direção: Matt Earl Beesley
Roteiro: Paul Scheuring
Michael protege um jovem prisioneiro dos ataques de T-Bag. O plano de fuga é ameaçado quando Abruzzi deixa de cumprir um favor a Philly Falzone, perdendo o controle da Prison Industries, onde é determinado quem trabalha na prisão. C-Note começa a suspeitar dos planos de Michael.
Episódio 10
Título: "Sleight of Hand"
Direção: Dwight H. Little
Roteiro: Nick Santora
Abruzzi e Michael tentam recuperar o controle da Prison Industries, mas para isso Michael precisa dizer onde está Fibonacci. C-Note entra na equipe por conta própria. Veronica, Nick e LJ estão em perigo novamente.
Episódio 11
Título: "And Then There Were 7"
Direção: Jesús Salvador Treviño
Roteiro: Zack Estrin
Os funcionários da prisão - incluindo Sara - descobrem que Michael tem uma esposa, que trás um elemento para ajudar no plano. Westmoreland decide unir-se na equipe. Veronica, Nick e LJ tentam escapar de Quinn.
Episódio 12
Título: "Odd Man Out"
Direção: Bobby Roth
Roteiro: Karyn Usher
Começam atritos entre a equipe devido a notícia de que um deles deve abandonar o plano. Michael prepara o fim da fuga. Veronica recebe ajuda de uma fonte inesperada.
Episódio 13
Título: "End of the Tunnel"
Direção: Sanford Bookstaver
Roteiro: Paul Scheuring
O plano de fuga está pronto, mas Michael não quer continuar ao saber que seu irmão está na solitária, quebrando o acordo com o resto da equipe. Veronica dá entrevista na televisão dizendo que há uma conspiração, graças à informação de um aliado d'A Companhia.
Episódio 14
Título: "The Rat"
Direção: Kevin Hooks
Roteiro: Matt Olmstead
A poucas horas da execução de Lincoln, todos tentam salvá-lo: Michael danifica a cadeira elétrica, Veronica e Nick exumam o corpo de Terrance Steadman, e Sara pede ajuda ao seu pai, o governador de Illinois, para que reveja o caso.
Episódio 15
Título: "By the Skin and the Teeth"
Direção: Fred Gerber
Roteiro: Nick Santora
Após o atraso da execução graças a provas enviadas por um anônimo, Michael muda o plano de fuga. Agora tenta investigar como entrar na ala psiquiátrica sem ser detectado.
Episódio 16
Título: "Brother's Keeper"
Direção: Greg Yaitanes
Roteiro: Zack Estrin
O episódio mostra os personagens três anos antes de Michael ser encarcerado. O enredo gira em torno do que aconteceu realmente no assassinato que aprisionou Lincoln e na razão que fez Michael decidir salvar a vida do irmão.
Episódio 17
Título: "J-Cat"
Direção: Guy Ferland
Roteiro: Karyn Usher
Ao negar-se a responder sobre a origem de sua ferida, Michael é enviado à solitária, fazendo com que Sucre se arrisque para que o plano não falhe. Veronica e Nick encontram novas informações. LJ decide vingar-se por conta própria.
Episódio 18
Título: "Bluff"
Direção: Jace Alexander
Roteiro: Nick Santora e Karyn Usher
Já na ala psiquiátrica, Michael tenta fazer com que Haywire refaça a parte da tatuagem que se perdeu. Geary tira Michael e Sucre da cela e decide colocar um preço para que voltem.
Episódio 19
Título: "The Key"
Direção: Sergio Mimica Gezzan
Roteiro: Zack Estrin e Matt Olmstead
Lincoln é resgatado do acidente de carro por seu pai, e ele conta tudo sobre a conspiração. Michael precisa da chave da enfermaria para completar seu plano, mas enfrenta um obstáculo inesperado. Abruzzi volta a Fox River.
Episódio 20
Título: "Tonight"
Direção: Bobby Roth
Roteiro: Zack Estrin
Depois de Bellick descobrir o plano, a equipe decide fugir imediatamente. Sem muitas opções, Michael decide contar com a ajuda de Sara. Tweener entra na equipe. Veronica encontra provas que a levam a Blackfoot, Montana.
Episódio 21
Título: "Go"
Direção: Dean White
Roteiro: Matt Olmstead
Michael exige que Pope tire Lincoln da solitária. Sara tenta decidir se ajuda Michael. Veronica percebe que Nick é parte da conspiração. A equipe finalmente escapa da prisão.
Episódio 22
Título: "Flight"
Direção: Kevin Hooks
Roteiro: Paul Scheuring
Fora da prisão, Michael, Lincoln e os demais fugitivos começam a se esconder das autoridades. Caroline Reynolds abandona A Companhia e decide agir com as próprias mãos. Veronica vai a Montana para encontrar evidências que provam a inocência de Lincoln.
Episódio 01
Título: "Pilot"
Direção: Brett Ratner
Roteiro: Paul Scheuring
Michael Scofield é enviado à Penitenciária Estadual de Fox River como parte de um plano para libertar seu irmão, Lincoln Burrows, que foi condenado à morte por um crime que não cometeu.
Episódio 02
Título: "Allen"
Direção: Michael Watkins
Roteiro: Paul Scheuring
Os problemas começam entre os presos e Michael percebe que precisa de ambas as partes. Veronica Donovan vê a prova que compromete Lincoln pelo assassinato de Terrence Steadman.
Episódio 03
Título: "Cell Test"
Direção: Brad Turner
Roteiro: Michael Pavone
Michael testa a honestidade de Fernando Sucre, seu companheiro de cela, para ver se pode guardar o segredo da fuga, mas ele não quer formar parte disso. T-Bag quer se vingar de Michael e John Abruzzi tenta localizar Fibonacci.
Episódio 04
Título: "Cute Poison"
Direção: Matt Earl Beesley
Roteiro: Matt Olmstead
Michael segue trabalhando em seu plano, mas com seu novo companheiro de cela, "Haywire" Patoshik. Quando Sucre descobre que seu primo Héctor está saindo com sua noiva, decide fazer parte do plano de fuga.
Episódio 05
Título: "English, Fitz or Percy"
Direção: Randall Zisk
Roteiro: Zack Estrin
Tentando descobrir a relação entre Michael e Lincoln, os agentes Paul Kellerman e Daniel Hale conseguem transferir Michael para outra prisão através de ameaças ao diretor Henry Pope. Michael decide com a equipe qual será a rota para a fuga.
Episódio 06
Título: "Riots, Drills and the Devil Part 1"
Direção: Robert Mandel
Roteiro: Nick Santora
Devido ao atraso no plano, Michael cria um contratempo entre os prisioneiros para ganhar tempo, mas T-Bag agrava a situação colocando em perigo Lincoln, Sara Tancredi e todo o plano de fuga.
Episódio 07
Título: "Riots, Drills and the Devil Part 2"
Direção: Vern Gillum
Roteiro: Karyn Usher
Michael coloca em perigo o plano ao salvar Sara de outros prisioneiros, mas Sucre, Abruzzi e T-Bag continuam com o plano. Lincoln sofre uma tentativa de homicídio. Veronica e Nick Savrin seguem investigando o caso com uma nova pista.
Episódio 08
Título: "The Old Head"
Direção: Jace Alexander
Roteiro: Monica Macer
Ao descobrir que os guardas estão atrapalhando em uma parte vital do plano, Michael chama Charles Westmoreland para fazer parte da equipe. Veronica, Nick e LJ Burrows estão em perigo por causa dos agentes Kellerman e Hale.
Episódio 09
Título: "Tweener"
Direção: Matt Earl Beesley
Roteiro: Paul Scheuring
Michael protege um jovem prisioneiro dos ataques de T-Bag. O plano de fuga é ameaçado quando Abruzzi deixa de cumprir um favor a Philly Falzone, perdendo o controle da Prison Industries, onde é determinado quem trabalha na prisão. C-Note começa a suspeitar dos planos de Michael.
Episódio 10
Título: "Sleight of Hand"
Direção: Dwight H. Little
Roteiro: Nick Santora
Abruzzi e Michael tentam recuperar o controle da Prison Industries, mas para isso Michael precisa dizer onde está Fibonacci. C-Note entra na equipe por conta própria. Veronica, Nick e LJ estão em perigo novamente.
Episódio 11
Título: "And Then There Were 7"
Direção: Jesús Salvador Treviño
Roteiro: Zack Estrin
Os funcionários da prisão - incluindo Sara - descobrem que Michael tem uma esposa, que trás um elemento para ajudar no plano. Westmoreland decide unir-se na equipe. Veronica, Nick e LJ tentam escapar de Quinn.
Episódio 12
Título: "Odd Man Out"
Direção: Bobby Roth
Roteiro: Karyn Usher
Começam atritos entre a equipe devido a notícia de que um deles deve abandonar o plano. Michael prepara o fim da fuga. Veronica recebe ajuda de uma fonte inesperada.
Episódio 13
Título: "End of the Tunnel"
Direção: Sanford Bookstaver
Roteiro: Paul Scheuring
O plano de fuga está pronto, mas Michael não quer continuar ao saber que seu irmão está na solitária, quebrando o acordo com o resto da equipe. Veronica dá entrevista na televisão dizendo que há uma conspiração, graças à informação de um aliado d'A Companhia.
Episódio 14
Título: "The Rat"
Direção: Kevin Hooks
Roteiro: Matt Olmstead
A poucas horas da execução de Lincoln, todos tentam salvá-lo: Michael danifica a cadeira elétrica, Veronica e Nick exumam o corpo de Terrance Steadman, e Sara pede ajuda ao seu pai, o governador de Illinois, para que reveja o caso.
Episódio 15
Título: "By the Skin and the Teeth"
Direção: Fred Gerber
Roteiro: Nick Santora
Após o atraso da execução graças a provas enviadas por um anônimo, Michael muda o plano de fuga. Agora tenta investigar como entrar na ala psiquiátrica sem ser detectado.
Episódio 16
Título: "Brother's Keeper"
Direção: Greg Yaitanes
Roteiro: Zack Estrin
O episódio mostra os personagens três anos antes de Michael ser encarcerado. O enredo gira em torno do que aconteceu realmente no assassinato que aprisionou Lincoln e na razão que fez Michael decidir salvar a vida do irmão.
Episódio 17
Título: "J-Cat"
Direção: Guy Ferland
Roteiro: Karyn Usher
Ao negar-se a responder sobre a origem de sua ferida, Michael é enviado à solitária, fazendo com que Sucre se arrisque para que o plano não falhe. Veronica e Nick encontram novas informações. LJ decide vingar-se por conta própria.
Episódio 18
Título: "Bluff"
Direção: Jace Alexander
Roteiro: Nick Santora e Karyn Usher
Já na ala psiquiátrica, Michael tenta fazer com que Haywire refaça a parte da tatuagem que se perdeu. Geary tira Michael e Sucre da cela e decide colocar um preço para que voltem.
Episódio 19
Título: "The Key"
Direção: Sergio Mimica Gezzan
Roteiro: Zack Estrin e Matt Olmstead
Lincoln é resgatado do acidente de carro por seu pai, e ele conta tudo sobre a conspiração. Michael precisa da chave da enfermaria para completar seu plano, mas enfrenta um obstáculo inesperado. Abruzzi volta a Fox River.
Episódio 20
Título: "Tonight"
Direção: Bobby Roth
Roteiro: Zack Estrin
Depois de Bellick descobrir o plano, a equipe decide fugir imediatamente. Sem muitas opções, Michael decide contar com a ajuda de Sara. Tweener entra na equipe. Veronica encontra provas que a levam a Blackfoot, Montana.
Episódio 21
Título: "Go"
Direção: Dean White
Roteiro: Matt Olmstead
Michael exige que Pope tire Lincoln da solitária. Sara tenta decidir se ajuda Michael. Veronica percebe que Nick é parte da conspiração. A equipe finalmente escapa da prisão.
Episódio 22
Título: "Flight"
Direção: Kevin Hooks
Roteiro: Paul Scheuring
Fora da prisão, Michael, Lincoln e os demais fugitivos começam a se esconder das autoridades. Caroline Reynolds abandona A Companhia e decide agir com as próprias mãos. Veronica vai a Montana para encontrar evidências que provam a inocência de Lincoln.
